Existen importantes retos de investigación e innovación que deben ser superados para que la ganadería del mar sea parte de ese futuro sostenible, como la búsqueda de nuevas fuentes de materias primas para sus piensos, la selección de razas y especies mejor adaptadas al medio, con mejores cualidades nutricionales y de más rápido crecimiento, la generación de avances tecnológicos que permitan la adaptación de las granjas y las especies a condiciones marinas más expuestas y al cambio climático, y el control de la sanidad y el bienestar de las especies cultivadas.